Keberadaan Institut Agama Islam Sunan Kalijogo Malang adalah perwujudan dari cita-cita mulia Al-Maghfurlloh Kyai Nur Salim yang pada tahun 2017 diihtiyarkan oleh putra beliau KH. Muzaki Nur Salim. Jauh sebelum itu sebagai ihtiyar awal pada tahun 2004, di Yayasan Sunan Kalijogo Jabung telah dibuka perkuliahan (kelas jauh) Universitas Yudharta Pasuruan dan dilanjutkan STIKES dari Jombang. Setelah beberapa tahun berjalan, akhirnya harus dihentikan karena ada penegasan peraturan dari pemerintah kalau tidak diperbolehkannya suatu kampus / perguruan tinggi membuka kelas jauh ditempat lain / diluar kota. Maka dimulailah proses pendirian pada desember 2016 diawali dengan pembentukan Tim pokja pendirian pada bulan januari yang di komando oleh Bpk. Muhammad Sahli, S.Kom, M.M.

Tim langsung beberapa melakukan koordinasi dan juga mohon arahan dan do’a restu kepada para tokoh dan para kyai diantranya:

–     Prof. Dr. KH. Tholhah Hasan (Menteri Agama era Presiden Gus Dur)

–     KH. Marzuki Mustamar, M.Ag (Ketua PWNU Jawa Timur)

–     KH. Sholeh Bahruddin (Pengasuh PP. Ngalah Purwosari Pasuruan)

–     Prof. Dr. Imam Suprayugo (Guru Besar UIN Maulana Malik Ibrahim Malang)

–     KH. Agus Sunyoto (Ketua PB LESBUMI NU)

–     dan tokoh-tokoh ulama’ di wilayah Jabung dan Malang

      Pengerjaan Proposal dilaksanakan pada januari-maret, hampir setiap 1 minggu 2 kali ke kopertais untuk konsultasi dan revisi. Akhirnya usaha dari tim membuahkan hasil pada bulan April Yayasan memperolah rekomendasi dari Kopertais untuk diajukan ke Dirjen Diktis Kementerian Agama RI di Jakarta. Kemudian tim pokja mengirim proposal ke Diktis Kementerian Agama RI di jakarta. Sambil menunggu proses visitasi, beberapa kali tim pokja berkunjung ke jakarta dan berkomunikasi aktif dengan pejabat Diktis Kemenag untuk terus menanyakan kelanjutan proses.

      Pada 4 Oktober 2017 tim dari Diktis Kemenag RI berkunjung ke kampus Institut Agama Islam Sunan Kalijogo Malang untuk melakukan visitasi langsung dan penilaian atas proposal yang sudah diterima. Belum selesai disitu, setelah visitasi Tim Pokja masih harus beberapa kali ke Kemenag RI untuk menindak lanjuti revisi kaitan dengan prodi yang diajukan. Prodi Tadris Matematia dan Tadris Biologi harus diganti dengan prodi lain, akhirnya dirubah dengan Prodi Bimbingan dan Konseling Islam serta Prodi Komunikasi dan Penyiaran Islam

Alhamdulillah pada bulan April 2018 surat perijinan pendirian Institut Agama Islam Sunan Kalijogo Malang diberikan dan diterimakan langsung oleh Ketua Yayasan, KH. Muzaki Nur Salim dan Wakil Ketua Gus M. Sya’roni. Meski disurat keputusan / SK perijinan tertanggal 31 oktober 2017 tetapi institusi baru pada tahun 2018 resmi Institut Agama Islam Sunan Kalijogo Malang memulai perkuliahan, karena piagam baru diterima di Tahun 2018.

       Melihat perjuangan yang telah dilalui maka Yayasan Sunan Kalijogo Jabung menjadi satu-satunya yayasan yang memiliki perguruan tinggi di Kecamatan Jabung dan wilayah Kabupaten Malang sebelah timur yang mempunyai legalitas resmi dari Pemerintah dengan Ijin Operasional Dirjen Pendis Kemenag No. 6017 TAHUN 2017 tanggal 31 Oktober 2017.

Institut Agama Islam Sunan Kalijogo Malang mendedikasikan sebagai Kampus Islam Moderat yang berada d bawah Naungan Pondok Pesantren Sunan Kalijogo Jabung Malang, sejak itulah kampus ini mulai beroperasi sebagai perguruan tinggi dan terus berbenah utk mengembangkan kualitas agar mampu bersaing di level nasional dan akan go internasional. 

       Keberadaan Institut Agama Islam Sunan Kalijogo Malang adalah sebuah cita-cita dari KH. Muzaki Nur Salim selaku Pengasuh Pondok Pesantren Sunan Kalijogo sekaligus Ketua Yayasan yang melaksanakan amanah dari Al-Maghfurlah KH. Nur Salim (Pendiri PP. Sunan Kalijogo Jabung) yang berpesan bahwa Sunan Kalijogo harus bisa menjadi alternatif masyarakat untuk memberikan fasilitas pendidikan yang lengkap mulai dari Pendidikan Dasar sampai Perguruan Tinggi. Hasilnya pada Tahun 2017 didirikanlah IAI Sunan Kalijogo Malang sebagai usaha memberikan pelayanan terhadap masyarakat khususnya di daerah Kabupaten Malang wilayah Timur yang masih belum ada daerah yang memiliki perguruan tinggi.

Sebagai bentuk keseriusan IAI Sunan Kalijogo Malang, pada tahun 2022 telah menyelesaikan kewajiban memenuhi legalitas lembaga pendidikan tinggi, yaitu dibuktikan dengan terakreditasi BAIK untuk seluruh program studi yang ada di IAI Sunan Kalijogo Malang dan saat ini sedang mempersiapkan proses Akreditasi Institusi untuk memperkuat dari sisi kualitas dan legalitas perguruan tinggi.

Sesuai dengan pesan membawa visi dan misi KH. Nur Salim bahwa Yayasan Sunan Kalijogo harus mampu mencetak SDM yang berjiwa Nasionalis Religius melalui akademik maka hal tersebut diwujudkan melalui IAI Sunan Kalijogo malang memiliki program studi yang konsen untuk membentuk SDM yang lebih baik, maka dari itu muncul Institut Agama Islam Sunan Kalijogo Malang sebagai wadah untuk pendidikan tinggi yang berada di Kecamatan Jabung Kab. Malang Jawa Timur.